De Sint-Gertrudiskerk met drie beuken is in baksteen opgetrokken in 1848 naar ontwerp van architect Pierre Buyck. Van de vroegere laatromaanse kerk is de achthoekige toren nog bewaard. Deze toren dateert uit de 12de eeuw en zou daarmee het oudste gebouw uit Koekelare zijn, en is bovendien een beschermd monument.
Typisch zijn de rondboogvensters met deelzuiltjes. De toren was aanvankelijk een vieringtoren, maar de vroegere dwarsbeuk is verdwenen. Tijdens de Eerste Wereldoorlog werd de toren als uitkijktoren gebruikt, de kerk werd ook als hospitaal gebruikt door de Duitse soldaten. Bemerk de wegwijzer die nog voorzien was van een petroleumlantaarn, van 1900 tot 1926 was Bovekerke een vijftal dergelijke lantaarns rijk ; ze stonden opgesteld aan de hoeken van de dorpsstraten en werden alleen tijdens de wintermaanden aangestoken.Waar hier de twee pilaren staan zal in 1926 de eerste kerkhofpoort komen.