De Oudst gekende vermelding van de 'Ovaremeulen en hovaeremeulen' komt voor in de ommeloper uit 1705-1711. Waarschijnlijk werd de houten staakmolen in de 17e eeuw gebouwd. De atlas der buurtwegen(1846) spreekt van de 'Ooievaertmolen'.
De familie Denecker (eigenaars sedert 1876) hield de molen draaiend met vier wieken tot 1949 daarna met twee wieken tot 1958. In 1968 kocht de gemeente de molen om hem te laten klasseren als monument (1973). In 1987 wordt de molen aangekocht door de vzw Hovaeremolen. In een periode van tien jaar werd de molen in fases maalvaardig gerestaureerd met een operationele olieslagerij.